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[Kubeflow] RBAC: access denied / 2023.06.21 InferenceService url로 host 요청을 보내는 과정에서 RBAC: access decied ERROR가 발생했다. Istio 내에서 해당 namespace가 서비스 및 워크로드에 대한 접근 권한이 차단되어있는거 같았다. 따라서 Authorization Policy를 정의하는 yaml 파일을 생성 후, 클러스터 내에 적용하면 namespace의 요청이 허용될 것이다. apiVersion: security.istio.io/v1beta1 kind: AuthorizationPolicy metadata: name: allow-all namespace: #namespace 이름 spec: rules: - {} ERROR 해결!! REFERENCES https://istio.io/latest/docs..
[Kubeflow] Jupyter jovyan 사용자를 sudo 그룹에 추가하기 / 2023.06.16 kubeflow에서 jupyter를 사용할 때 사용자인 jovyan은 sudo 권한이 없다 따라서 jovyan을 sudo그룹에 추가하는 custom image를 생성해서 jupyter를 생성해보자 Step 1. Dockerfile 작성 jupyter notebook Dockerfile은 아래 github에서 확인할 수 있다 https://github.com/kubeflow/kubeflow/tree/master/components/example-notebook-servers GitHub - kubeflow/kubeflow: Machine Learning Toolkit for Kubernetes Machine Learning Toolkit for Kubernetes. Contribute to kubeflow..
[Kubernetes] NVIDIA device plugin 설치하기 / 2023.06.15 Kubernetes에서 GPU를 사용하기 위해 NVIDIA device plugin을 설치했다 아래 github 주소를 참고!!! https://github.com/NVIDIA/k8s-device-plugin#quick-start GitHub - NVIDIA/k8s-device-plugin: NVIDIA device plugin for Kubernetes NVIDIA device plugin for Kubernetes. Contribute to NVIDIA/k8s-device-plugin development by creating an account on GitHub. github.com Step 1. nvidia-container-toolkit 설치하기 distribution=$(. /etc/os-re..
[GPU] NVIDIA 드라이버 & CUDA Toolkit 설치하기 / 2023.06.15 GPU를 사용하기 위해서 필요한 것들을 설치해보자! Step 1. NVIDIA 드라이버 설치 1-1. 설치가능한 드라이버 버전 확인 ubuntu-drivers devices 1-2. 드라이버 설치 (470 선택) sudo apt install nvidia-driver-470 1-3. 재부팅 sudo reboot 1-4. 설치한 드라이버 정보 확인 nvidia-smi Step 2. CUDA Toolkit 설치하기 2-1. CUDA Toolkit 선택 https://developer.nvidia.com/cuda-downloads?target_os=Linux&target_arch=x86_64&Distribution=Ubuntu&target_version=20.04&target_type=runfile_local..
[Kubernetes] local-path-storage 설치하기 / 2023.06.15 rook-ceph storageclass는 설치할 때 무슨 문제가 있는지 pv를 자동으로 생성해주지않아서 수동으로 생성해 주어야했다 따라서 local-path-storage를 설치했다 Step 1. local-path-storage 설치하기 kubectl apply -f https://raw.githubusercontent.com/rancher/local-path-provisioner/master/deploy/local-path-storage.yaml Step 2. default로 설정하기 # local-path-storage를 default 설정 kubectl patch storageclass local-path -p '{"metadata": {"annotations":{"storageclass.kub..
[Kubeflow] 계정(User) 추가하기 / 2023.06.14 Step 1. Profile 생성 먼저, profile yaml 파일을 작성한 후 kubectl apply -f 명령어로 생성하기 apiVersion: kubeflow.org/v1beta1 kind: Profile metadata: name: test # namespace spec: owner: kind: User name: sykang@email.com resourceQuotaSpec: hard: cpu: "6" memory: "16Gi" requests.nvidia.com/gpu: "1" persistentvolumeclaims: "10" requests.storage: "100Gi" profile 확인 kubectl get profile -A Step 2. configmap 수정 kubeflow를 ..
[Kubeflow] ERROR [403] poddefaults.kubeflow.org is forbidden / 2023.06.14 Kubeflow dashboard의 tensorboard를 클릭하면 아래와 같은 에러가 발생했다. [403] poddefaults.kubeflow.org is forbidden: User "system:serviceaccount:kubeflow:tensorboards-web-app-service-account" cannot list resource "poddefaults" in API group "kubeflow.org" in the namespace "kubeflow-user-example-com" 해당 오류는 사용자가 해당 리소스에 대한 권한이 없기 때문에 발생하는 것으로 보임!! "tensorboards-web-app-service-account" 사용자가 "kubeflow-user-example-..
230609 deepDR: a network-based deep learning approach to in silico drug repositioning https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/24/5191/5497253 deepDR: a network-based deep learning approach to in silico drug repositioning AbstractMotivation. Traditional drug discovery and development are often time-consuming and high risk. Repurposing/repositioning of approved drugs offers a rela academic.oup.com